本市動物防疫保護處（簡稱動保處）所送驗之白肉雞場檢體，經行政院農業委員會家畜衛生試驗所（簡稱畜衛所）立即執行檢測，於1月14日下午確定檢測結果，為H5亞型禽流感病毒陽性，因現場雞隻有高死亡率，本市動保處秉持防疫超前佈署之精神，決定於1月14日夜間採取全場撲殺措施，同時強化防疫工作。另外，該場禽流感病毒核酸序列分析續由畜衛所辦理中。
為防止病毒蔓延，由防檢局會同本市動保處及專家學者召開「專家小組會議」，共同研議防疫強化措施，會議決議發生場儘速完成撲殺消毒，該場周邊3公里內之養禽場立即加強監測且未來上市屠宰應檢附獸醫師簽發之健康證明書。臺南市政府已協調所屬環保單位協助處理撲殺雞隻之後續處理事宜。