一、為配合家禽禁止移動、屠宰場休宰措施，防檢局同步規劃於臺南市等5疫情熱區縣市設立檢疫站，本市檢疫站已選定設置於麻豆及歸仁2處，於1月28日中午12時起，運輸車輛（運禽車、運蛋車、化製車及飼料車）須進入檢疫站進行消毒，並取得「車輛消毒證明書」，始得進行後續屠宰及銷售等。
二、檢疫站之功能為要加強查核進出交通要道之健康證明書、禽蛋燻蒸證明書及進行運輸車輛（運禽車、運蛋車、化製車及飼料車）消毒作業，並開立檢疫消毒證明。此項作業將採三班制24小時執行，由公務人力執行相關防、檢疫工作，及雇工人力進行消毒作業，共同為防堵禽流感疫情盡力。
三、動保處於歸仁區及麻豆區辦理本市動物防疫檢疫站設置之勤前說明會，分別於1月27日下午1點在歸仁區公所及同日下午4點於麻豆區公所召開，將每站設置人力、相關工作任務分配及進行消毒作業應注意事項於說明會中，讓檢疫站啟動後能執行順遂，藉此防堵禽流感疫情蔓延，讓全民安心。