一、針對外界質疑新型H5N2、H5N3與H5N8禽流感病毒胺基酸序列不足以證明該等新型病毒係新入侵病毒株，農委會家畜衛生試驗所除重申臺灣新型H5N2、H5N3與H5N8病毒之HA基因，經序列比對，已證實皆來自韓國H5N8病毒外。
二、並進一步說明應用國際基因庫之歷年禽流感病毒株與該等新型病毒株之核酸序列進行親緣性演化樹分析結果，顯示此波新型 H5病毒株雖然都隸屬於歐亞洲病毒基因群，但是與臺灣分離自候鳥及鴨隻屬於歐亞洲病毒基因群之H5病毒株相去甚遠，而與分離自臺灣雞隻屬於美洲病毒基因群的舊型H5N2病毒株更是涇渭分明。演化樹分析的結果更進一步證明造成此次疫情的病原，係新入侵之禽流感病毒株，而非臺灣禽流感H5N2病毒株演化產生。