有關蔡淑惠議員質詢時誤指市長，於9月17日前往高雄輔選並無主持登革熱防治工作乙節，市府澄清如下：
當日市長下午前往兩家登革熱應變醫院─臺南市立醫院及成大醫院，了解登革熱醫院防疫應變措施及病患分流制度，再赴臺南市立棒球場參加統一獅捐贈基層棒球球具記者會，處理完公務後，才前往高雄參加邱議瑩立委的活動。
面對這波登革熱疫情，賴市長和市府一級主管全體總動員進行防疫工作，除每周一、三、五固定登革熱疫情指揮中心會議，賴市長幾乎全程參與外，不公開之大小工作會報、中央疫情指揮中心會議等，賴市長均參與掌握最新疫情狀況，進行指揮調度，並多次前往第一線稽查登革熱防治情形、宣導家戶正確防治觀念、了解防疫各項現況及為防疫同仁加油打氣，面對嚴峻疫情，賴市長自始即全力投入，所有防疫同仁跟市民都看得見賴市長親力親為，為防疫工作不間斷的努力，無須說謊。
面對議員誤會，市府表示遺憾，目前臺南登革熱確定病例數已下降至百例以下，更需要所有人同心協力，共同保全成果終結這波疫情。
※「賴市長赴台南市立醫院及成大醫院了解登革熱病患分流情形」新聞連結
http://www.tainan.gov.tw/tainan/news.asp?id={50710DF8-46B8-46F3-865A-191961EAC8AD}
※「統一獅應援臺南市基層棒球 捐贈球具」新聞連結
http://www.tainan.gov.tw/tainan/news.asp?id={48A949AB-817E-4ACA-AB86-B0CB0E36F54D}