關於受到這波低壓帶影響帶來豪雨，依臺南市各及災害應變中心作業要點規定，降雨屬於豪雨等級，本市應變中心之開設係由災害業務主管機關水利局負責擔任應變事宜，臺南市政府為因應持續降雨，於9月6日下午1時30分提升開設等級，立即成立0906豪雨臺南市災害應變中心2級1階開設，由秘書長親自鎮督導各編組單位依業管權責辦理相關防汛防災整備。啟動轄內抽水站41站及移動式抽水機165台，都正常操作。對於積水路段立即進行封路措施，同時透過各種傳遞方式，讓用路人第一時間能接獲封路訊息，提早改道避免塞車及車安全。
其次對於山區道路土石滑落坍塌路段，由工務局所轄各工務大隊緊急調動人力機具進行搶修搶通，環保局對於淹水路段已調派各區清潔隊會同區公所進行巡查檢視水溝蓋入水口是否有落葉雜物阻塞，以避免影響水流，截至9月7日下午5時止，已進行全市25處重要地下道側溝巡檢清淤，總計清除側溝11350公尺，溝內垃圾雜物達16.7公噸。本市災害應變中心開設期間各編組單位都上緊發條，積極投入各項救災整備工作，對各項災情處置都能秉持接獲通報立即處理原則，讓災害損失降至最低。臺南市政府救災應變團隊，在應變中心開設期間，雖然市長出國，並未因此鬆懈，各編組單位大家同心協力同舟共濟，全力做好各項應變處置作為。